Noch etwas:
Da Du anscheinend ja ohnhin eine der beiden Engines als Emulation benutzt, warum startest Du diese nicht gleich in MessChess (mit WinBoard als GUI)?
Dann kannst Du eben WinBoard extrem verkleinern und brauchst nicht für beide Engines alle Züge manuell über die Tastatur eingeben, und eine PGN hast Du dann am Ende auch automatisch (in WinBoard).
Und wenn beide Engines Emulationen sind, dann kannst Du sie ja gleich direkt in WinBoard gegeneinander spielen lassen und brauchst Dich um die Zugeingabe gar nicht kümmern.

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