Nee, natürlich verwenden die versch. Versionen jeweils das richtige (eigene) ROM - Du brauchst ja nur die ROM-Dateien vergleichen!
Also die 1 oder 2 MB sind ja nur Hash-RAM (wie Du richtig bemerkst), und die werden natürlich beim Beenden der Emulation NICHT abgespeichert. Wozu auch - üblicherweise beginnst Du ja nach einem Neustart auch eine neue Partie. In diesem NVRAM werden nur Programm-Einstellungen sowie die Stellung gespeichert.
Die Hashtables (also die 1-2 MB) werden nur abgespeichert, wenn Du den aktuellen 'Zustand' des Moduls speicherst (mit Save State), und zwar in einer Datei *.sta im entsprechenden Verzeichnis, und dann mit Load State natürlich auch wieder korrekt geladen.

PS: Übrigens kann ich mir eigentlich auch nicht vorstellen, daß bei den realen EAG-Geräten das gesamte RAM (also auch Hash-RAM) wirklich batteriegepuffert ist, d.h. nach Aus- und Einschalten wieder zur Verfügung steht!?

Grüße,
Franz