Nun, im Plugin selbst sind ja keine Engine-Einstellungen gespeichert, die werden ja von Arena erst ans Plugin gesendet. Und wenn Du in Arena zwei Einträge der gleichen Engine hast (natürlich unter verschiedenen Namen), dann speichert ja Arena deren Einstellungen auch unter diesen 2 versch. Namen ab - die sollten sich also nicht in die Quere kommen.
Bei einem Engine-Match/Turnier ruft ja Arena auch 2 eigene Instanzen von MessChess+Engine+Plugin auf, das sind in Windows 2 komplett getrennte (parallel laufende) Prozesse, die sich aber gegenseitig nicht 'stören'.
Das einzige, was die beiden gemeinsam benutzen, sind die gleichen ini/cfg/nvram-Dateien, aber da stehen ja auch keine Engine-Settings drinnen (außer evt. im NVRAM, aber das spielt ja während der Partie keine Rolle).