Das ist im Prinzip kein Problem, solange Du ALLE Dateien überschreibst!
Falls das Entpackprogramm jedoch nur die Dateien kopiert, die noch nicht vorhanden sind (bzw. diejenigen mit neuerem Datum),
dann kann das schon Probleme machen.
Sicherer ist es definitiv, das alte CB-Emu-Verzeichnis vorher zu löschen (oder umzubenennen), und dann die neue Version zu entpacken.