Einen entscheidenden schritt bin ich jetzt weiter.
Ich habe Cray Blitz mit hilfe von InBetween direkt als WinBoard-engine in Arena installiert, den umweg über Wb2Uci also weggelassen.
Jetzt spielt Cray Blitz immerhin mit weiß komplette partien, aber die angezeigten hauptvarianten haben nichts mit der jeweiligen position zu tun, sie zeigen unsinnige züge an. Die anschließend ausgespielten züge sind aber korrekt.
Mit der InBetween.ini für schwarz beginnt nach einem eingegebenen weißen zug nicht zu rechnen.

Da ist noch viel auszuprobieren!

ps.
So unsinnig sind die angezeigten varianten gar nicht. Bei genauerem hinsehen habe ich entdeckt, dass Arena den ersten halbzug von Cray Blitz nicht angezeigt, die varianten beginnen erst mit dem ersten halbzug der gegenpartei. Merkwürdig!